Огромное значение для этих тюленей имеет мех, с хорошо развитым подшерстком (в отличие от сивучей, у которых мех напротив не развит, и у которых основную термоизоляционную функцию берет на себя жир). Цвет остевых волос резко отличается о цвета подпуши, но подпушь почти полностью скрывается под остевыми волосами. Окраска котиков различает у животных разного возраста и между полами. Новорожденные имеют однотонный темный окрас, довольно редко рождаются альбиносы и хромисты, но эти случаи довольно редки, и на сто тысяч новорожденных приходится один с измененным окрасом. Поскольку альбинизм связан с проявлением рецессивных генов, такие щенки имеют и другие изменения и они, в частности, практически слепы. Вероятно, такие животные нежизнеспособны, поскольку не было зафиксировано ни одной встречи взрослого альбиноса. После первой линьки (в возрасте 3-4 месяцев) общий цветовой фон меха котиков приобретает серую тональность. Из-за этого меха на этих животных в свое время и велся промысел. В последующем мех этих животных изменяется различно у самцов и самок. Во взрослом состоянии самцы котика имеют более темную окраску, возрастом в шерсти самцом появляется больше светлых (седых) волос. Самки сохраняю серебристые оттенки шерсти, но с возрастом их мех немного желтеет.

Мех морских котиков выполняет ряд важных функций — термоизоляцию (в подшерстке задерживается воздух) и берет на себя также гидродинамическую функцию. Подкожный жир у них развит слабее, что дает им возможность погружаться глубже.